Aunque no existen registros concluyentes, Giordano no descarta que subsista una población relicta, aunque remarcó que se requieren estudios de campo para confirmarlo.

Los registros obtenidos por Harmsen y el mapa de distribución elaborado a partir de ellos representan un avance sustancial. No obstante, los investigadores insisten en que son apenas un punto de partida. El modelo ecológico podrá refinarse a medida que se incorporen más datos de cámaras, nuevas observaciones de campo y estudios genéticos.

A diferencia de otros grandes felinos, el yaguarundí no fue víctima del tráfico ilegal de pieles, lo que en cierta forma lo protegió de la caza directa. Sin embargo, eso no lo libró de amenazas. La destrucción de su hábitat, la contaminación de ríos, el uso de pesticidas en áreas rurales y la pérdida de presas naturales lo pusieron en riesgo. Su estrategia de permanecer fuera del foco no bastó para garantizar su futuro.