En esa ocasión el obispo Álvarez, que tenía casa por cárcel, se negó a subirse al avión, fue enviado a una prisión de máxima seguridad, y condenado a 26 años y cuatro meses de prisión, despojado de su nacionalidad, y suspendidos sus derechos ciudadanos de por vida, por delitos considerados de traición a la patria.

Las relaciones del régimen de Ortega y la Iglesia católica viven momentos de gran tensión, caracterizadas por la expulsión y encarcelamiento de sacerdotes, la prohibición de actividades religiosas, y la suspensión de sus relaciones diplomáticas.