Bailque enfrenta un proceso judicial en el que se lo acusa de favorecer a imputados vinculados con el narcotráfico en la ciudad de Rosario, entre otras cosas. A la par, estaba siendo investigado por el Consejo de la Magistratura, que estaba al borde de votar un Jury en su contra.

Finalmente, renunció para no perder su jubilación.

El caso adquirió especial notoriedad tras hacerse públicos los fundamentos de las investigaciones internas y las actuaciones del Consejo de la Magistratura, donde se describieron operaciones irregulares y supuestas omisiones judiciales relacionadas con el lavado de activos y la protección de intereses ilícitos. Estas situaciones motivaron tanto reclamos en organismos de control como reclamos de diferentes actores sociales y políticos de la provincia.