El Programa de Acción Anual de la AGN en 2025 incluye un total de 296 proyectos de auditoría. De este número, 128 son nuevos, mientras que los 168 restantes se corresponden con años anteriores. En estos casos, muchos de ellos ya fueron iniciados. En detalle, con relación al tipo de control, el 62% son sobre estados contables y el 38% de gestión gubernamental.

Entre las auditorías programadas que más se destacan se encuentran las que se realizarán sobre las universidades públicas. El anuncio se da en un contexto de tensión entre el sector y el Gobierno, acrecentado luego de que el Presidente vetara la ley de financiamiento universitario.