En el momento de su retirada, Agüero renunció a cobrar el salario del segundo año de contrato, pero no del primero, ya que participó en algunos encuentros. El Barcelona acordó pagarle ese año a través del seguro de los futbolistas, compromiso que asumió el entonces director de fútbol del club, Mateu Alemany.

Ante la negativa del club de abonar los tres millones de euros (3,2 millones de dólares), Agüero decidió presentar una demanda para que un juez obligue al Barcelona a cumplir con el pago. No obstante, el jugador y su equipo legal prefieren resolver el asunto de manera discreta y están abiertos a negociar un calendario de pagos.

El Kun jugó solo cinco partidos con la camiseta del equipo catalán y marcó un gol, que fue un descuento en un clásico ante el Real Madrid. La incorporación al Barcelona había sido para poder jugar con su amigo, Lionel Messi, quien en julio de aquel año se fue al París Saint-Gemain.